清理“被感染的房间”实际是清除当前战甲身上的 Helminth 包囊，房间本身不会被拆除或恢复成普通舱室。先在军械库确认战甲颈部是否有紫色或粉色脓包，然后装备这台战甲返回轨道飞行器；如果装备的是没有包囊的战甲，感染门通常不会开放。Helminth 医务间位于飞船最底层，沿坡道下行后寻找被红色组织覆盖的门，官方位置描述为右舷、下坡时的左侧。
具体操作顺序是：进入轨道飞行器后打开军械库，装备带包囊的战甲；从军械库附近的坡道前往下层；走到红色感染门前，确认门已经打开；进入房间并靠近中央座椅；触发互动后选择“移除包囊”或类似的治疗选项，再确认一次。移除不需要消耗资源，也不需要先完成惊惧之心或解锁完整 Helminth 系统；完成任务并达到精通段位8，主要是为了获得后续的吸取战甲技能、活化和执刑官源力石等功能。
是否立即清除，取决于玩家要治疗还是要制作 Helminth Charger。单纯治疗时，以座椅是否出现移除选项为准；如果准备孵化 Helminth Charger，则必须保留包囊并等待感染满7天成熟，再准备库狛蛋进入孵化器，选择“Drain”排出包囊，之后才能开始特殊库狛的孵化流程。治疗完成后，这台战甲将永久免疫 Helminth 包囊，不能再次进入该感染房间；新制作或尚未感染的其他战甲仍然可能单独获得包囊。
看不到房门或无法互动时，优先检查装备的是否为带包囊战甲，而不是反复退出游戏。Nidus可以直接开启医务间，但他并不等于自动清除包囊；需要真正带有包囊的战甲才能使用治疗互动。若颈部出现的是绿色肿块，并且多个甚至所有战甲都同时拥有相同外观，可能是 Technocyte Cyst，而不是 Helminth 包囊；这种感染不能用医务间座椅清除，必须击败对应的 Technocyte Coda，才能完成消毒。两种肿块位置相近，颜色、传播方式和处理方法不同，确认外观后再决定操作。
新玩家最稳妥的方案是先用一台常用战甲完成治疗，确认外观和进入限制后，再决定是否保留其他战甲的包囊用于孵化宠物。已经拥有大量战甲的玩家，可以只清除不想保留的包囊，留下成熟包囊制作 Helminth Charger；已经解锁 Helminth 模块后，还能从装备菜单快速前往医务间，不必每次从飞船下层步行寻找。这样既能解决颈部外观问题，也不会误删后续宠物孵化所需的感染材料。
