PVE战斗中，舰船的选择直接影响任务效率与生存能力。对新手指挥官而言，护卫舰与驱逐舰是最佳起点。贼鸥护卫舰有出色的机动性，在虫洞等复杂场景中能灵活规避敌方火力。而且维护成本较低，便于初期资源积累。警戒者级则以持续作战能力见长，其能量循环系统可支持长时间火力输出。驱逐舰中的冷雨级堪称单体猎杀利器，在清理高威胁精英怪时表现突出，建议搭配“快速装填系统”进一步提升射速。
当指挥官积累一定战斗经验后，巡洋舰级舰船将成为中期过渡的核心战力。蛟级巡洋舰的“电容虹吸”装置能瘫痪敌方能源系统，在虫洞BOSS战中配合队友实施毁电战术，可显著降低团队压力。哨兵级与玄武岩级则组成了经典的小队协作组合，前者负责反跳控制与火力支援，后者专注毁电压制与护盾防御，在4-10级异常空间任务中能有效应对多波次敌人。建议优先强化巡洋舰的护盾回充效率，“加强型护盾通量线圈”与“能量回复增效器”的组合能大幅提升战场续航。
战列巡洋舰是后期PVE的主力输出单位，但对操作与装备配置有较高要求。百夫长级作为当前版本单体伤害天花板，其单次爆发可突破4000点。推荐搭配“超载注能系统”和“弹道控制系统”，可以在12秒爆发期内倾泻全部火力。对于深空探索任务，晨曦经合体的粒子炮战巡更为实用，均衡的火力与航速设计让它在应对突发战斗时更具灵活性。
新欧罗巴联邦的铁壁级堪称移动堡垒，2秒蓄能即可恢复55%护盾值的特性让它在持久战中近乎不死。推荐装配“自适应抗性屏障”与“护盾回充增效器”，在异常空间中吸收伤害。天启帝国的圣徒级则是毁灭的代名词，其“圣光裁决”装置能对主目标造成3540点伤害并折射至周围敌人。
跑商路线可选用巡洋舰级舰船兼顾运输与自卫，蛟级的货舱扩展型能装载3000单位货物，配合“短距跃迁稳定器”可快速穿越低安全区域。虫洞探索则推荐山猫级护卫舰的全输出配置，低成本高机动性使其成为刷取异常信号的效率之王，搭配“跃迁核心干扰器”还能拦截逃跑的精英舰船。
