纪念碑谷的“秘境”不是需要操控艾达走到终点的独立关卡，而是通过收集隐藏图案解锁的图片内容。先完成被遗忘的海岸附录八“夜曲”，通关结算后记下画面出现的数字串，再回到游戏入口输入这组数字，秘境入口才会出现。解锁后需要收集原作十章和被遗忘的海岸八个附录中的图案，共18个，艾达的梦不计入秘境收集范围。
最快的收集方法是按章节选择界面逐关检查蓝色图标。进入任意章节后，先观察章节标题上方显示的蓝色几何图案，再在建筑中寻找形状相同的隐藏标记；找到后连续点击，直到图案发光或出现收集反馈，随后可以直接退出章节，不必再次走到终点。图案通常藏在墙面、地面、平台边缘或旋转结构背面，进入新区域后应先转动建筑观察四周，再继续推动机关，能够减少重复跑图。
原作十章中，前八章要重点检查每次旋转或开启机关后出现的新建筑面，不能只看初始视角；第八章的图案靠近场景最边缘，转动建筑后再贴着外沿寻找。第九章的图案就是开场艾达手中的花，但需要在实际场景中点击花朵，镜面中的倒影不算收集对象。第十章的图案位于楼梯下方，沿主路线前进时容易从上方视角错过，建议先把镜头转低，再检查楼梯底部和背面。
被遗忘的海岸附录一至四按照普通章节的方式寻找即可，附录五至八则要优先检查后半段区域和可旋转平台的侧面。附录五“迷失瀑布”中的图案找到后可以立即退出，不必继续推进到图腾被压碎的剧情段落；附录八“夜曲”需要留意水下平台、转轴周围和图腾碎片经过的边缘位置，图案收集与是否完成四块图腾的拼合无关。只要图案已经点亮，退出不会清除已获得的进度。
秘境图片会随着图案收集数量逐步解锁，通常每点亮四个图案推进一档，收齐18个后即可完成全部秘境内容。刚开始游玩时可按原作第一章至第十章、再按附录一至八的顺序收集；已经熟悉机关的玩家则直接从章节选择界面进入未完成章节，找到蓝色标记后退出，整套流程主要耗时在观察隐藏角度，而不是重新解谜通关。
