洪水具备破坏和增益效果，会影响平原的改良设施，如农田、矿山，较大等级洪水摧毁改良设施概率很高。此外还有人口损失，大洪水有概率杀死人口，但对一个人口城市无效。建造者、商人等平民同样也有死亡威胁，概率和人口损失一样。洪水侵袭过的城市，当中的单位、建筑血量都会扣除，扣除量受等级影响。若区域血量归零，建筑将彻底损毁。灾害退去后，泛滥平原有概率永久提升资源产出，等级越高加的更多。
预防方式可用大浴场或者是水坝修建，有效减少自然带来的损失，但产量增加消失。每条河流仅能建造一座水坝，满足河流两侧有泛滥平原，且无其他河流干扰。奇观大浴场完全免疫洪水破坏，但会减少增产概率。灾后修复设施，洪水后派遣工人修复劫掠的改良设施和建筑，沉入海底单元格无法恢复。沿海城市要及时建拦洪坝保护低地单元格，否则地块永久淹没。频繁洪水虽带来高产地块，但需平衡人口损失与生产力恢复成本。建议高生产力城市主动承受洪水，以最大化增产收益。
低生产力城市应对洪水主要是预防，与拥有高防洪能力的荷兰结盟，获取共享堤坝保护范围。请求紧急援助，用外交点数换取工人或资源包。若无法抢到大浴场，建造大灯塔等沿海奇观，间接提升海洋资源产出弥补损失。通过黄金时代选防洪动员增益，降低拦洪坝维护成本。
