宗教入侵需做好防御和反击，基础防御要阻止对方宗教渗透，采用物理封锁形式，用6个军事或宗教单位包围城市中心，直接阻断宗教单位进城市传播信仰，属于直接的防御手段。宗教建筑和单位防御上，己方城市建圣地、寺庙等宗教建筑，提升宗教抵御能力，同时购买审判官，要在宗教城市中购买，使用清除异教消除敌方宗教影响，优先消耗使徒审判次数。接着派遣使徒进行战斗，能够与传教士直接对抗，成功打败后增强自身实力，并削弱对方宗教影响力。遇到敌方频繁传教时，利用狂热传教信条加速宗教传播，抵消敌方压力。
当敌方宗教威胁过大，借宗教入侵发动战争，用军事单位攻击敌方传教士或使徒，不用承担宗教战争惩罚，直接清除威胁。通过外交手段要求对方停止宗教传播，当对方拒绝时进一步施压，或联合其他文明增强抵御能力。不追求宗教胜利时，可选择在设置里直接关闭，彻底消除宗教入侵可能性。
敌人通过征服手段传播宗教时候重点保护己方圣城和主要城市，城市有圣地和神社，防止出现转化情况。若已被转化，可通过审判官或军事夺回，但难度较高。夺回方式包括用审判官清除异教，派遣使徒与敌方宗教单位战斗，成功击败后能增强自身宗教影响力，并削弱敌方宗教传播能力。借助军事削弱敌方宗教，为后续夺回创造条件，夺回后用物理封锁防止被转化。
