宝石矿是矿井中较为少见的矿石，游戏中一共有着八种宝石矿，其中绿宝石、海蓝宝石、红宝石、紫水晶、黄水晶、翡翠、钻石都是有各自的专属矿石。玩家从外观上就能很容易分辨，用镐子或者炸弹破坏后是必定掉落对应的宝石。较为特殊的是神秘矿，其样貌上是一块椭圆体，螺旋状的花纹也像是外星产物，将其破坏有着大概率能掉落五彩碎片，实在太黑可能只会掉落普通的石头。
鹈鹕镇矿井产出的宝石矿是有着具体层数粉笔，紫水晶和黄水晶是会出现在任意层数，海蓝宝石和翡翠在一开始，只有40层以后才会概率出现，红、绿宝石在80层以后，在玩家首次到达120层，这些宝石矿的生成就没有层数限制。想要在矿井中得到更多的宝石，尽快冲层到120层就是不错的选择，这样后续在矿井刷铜铁矿石的同时，就能附带一些宝石矿提升收益。
钻石矿只会在50层之后出现，如果玩家仔细看过游戏里的遗失之书，有一册由老法师研究的数据提到，钻石出现的规律，但总结出的概率对实际影响不大，完全是看玩家运气获取了。宝石矿的生成是和层数石头总量有关，层数的石头越多，出现宝石矿的概率也就越大。运气增益不会对此有任何影响，无论是食用魔法糖冰棍还是佩戴幸运戒指，都不会改变宝石刷取的数量。
