军师技在游戏中占据战术核心地位，其释放需要在进入战斗后的部署阶段，点击屏幕右下角的军师技选项框进行选择和使用。军师技种类繁多，功能各异，主要分为几大类。第一类是直接改变战场环境的技能，例如拨云见日、天狗吞日可以切换昼夜，风云变色、霜雪覆地可以改变天气。第二类是影响敌我属性的技能，如增我将攻、减敌将防可以直接调整武将能力，鼓舞士气、降敌士气则作用于士兵状态，而诅咒和军魂等高级技能能同时影响多个属性。
第三类是强力的控制与召唤技能，最具战略价值的包括策反之计、大魔界和封武将技，策反之计能让部分敌兵倒戈，封武将技则能封锁敌方关键技能。还有一类是布置战场机关的技能，如拒鹿角、地雷星火可以提前埋设障碍，埋伏排阵、援军连阵可以召唤伏兵。
在游戏前期，可以多使用增速行军、减速行军、解除封技等基础技能来控制战斗节奏。到了游戏中后期，则应该搭配水镜之术、诅咒、军魂等高级技能来形成战术压制。面对不同的敌人需要采取不同的策略，例如对抗依赖技能爆发的敌人时，优先使用封武将技或减缓集气；面对兵力雄厚、准备打持久战的敌人，则可以选择回春仙术来维持我方部队的持续作战能力。一些技能组合能产生奇效，例如大天圣与大魔界的组合可以同时大幅强化我军并削弱敌军，而策反之计与大魔界配合能快速瓦解敌方部队。
最常见的是通过武将担任特定的官职来解锁对应的军师技，例如水镜之术就需要达到特定官职才能学会。另一种重要途径是击败地图上的各种怪物据点，例如击败妖兽据点首领有机会获得大魔界，刷白玉麒麟可能学到回春仙术和杀气腾腾，而挑战桃源仙乡的怪物则能学到更多种类的军师技。武将的智力属性会直接影响军师技的效果，高智力的军师施展如策反之计这类技能时成功率会显著提升。
