进入井底解密的关键在于找到被石头封住的井口并清除障碍物。绀田村井底探索是稻妻地区的重要任务之一，玩家需要完成前置条件才能开启入口。首先需要在枯井旁边寻找钱袋，在小货车处找到账单，在沟渠里找到货物袋，收集这三样物品后交给村长绀田传助。村长会提示笔记和钥匙的位置，根据线索在村东水渠对面的屋舍残骸中找到锈蚀的钥匙，使用这把钥匙即可打开井口进入。
进入井底后需要破解雷元素机关谜题。井底区域分为多个部分，首先需要取得雷种子才能通过雷元素屏障。在指定位置召唤雷种子后，携带它穿过屏障继续探索。井底深处有一个以雷炬为起点的解密机关，需要按照特定顺序激活五个神龛。正对门的第一个神龛标记为1号，其余四个根据门上图案的连线顺序依次为4、5、3、2号，整体激活顺序应为1-4-5-3-2。完成解密后会出现武士魂灵敌人，击败它可获得奖励。
在通过雷屏障的区域内有雷神瞳和另一把钥匙，这把钥匙用于开启井底其他区域的铁门。使用元素视野可以发现在行进路线上有一本书的残页，这是重要任务物品必须拾取。井底右上角还有一个结界，需要从下方神樱大祓的位置进入，内部有华丽宝箱和天目影打刀图纸的任务物品石板。
完成全部解密后不要遗漏最后的探索环节。在击败武士魂灵并收集主要物品后，建议再次检查井底各个角落，包括使用雷种子进入的屏障区域和需要攀爬到达的高处平台。井底连接着多个隐藏通道，有些区域需要从特定角度才能发现。确保取得所有宝箱和任务物品后再离开，否则可能需要重复进入。
