间谍任务是关卡任务的一种，与其他的模式不同，间谍模式不需要玩家凭借着武器一路杀过去，而是需要小心翼翼的潜入。每个间谍任务都有着三个固定的任务点，玩家需要避开周围所有的监视系统，成功获得对应的数据资料，如果在中途触发了警报，或者是被敌人发现，都会导致任务的失败。
每个间谍任务点位都或多或少的有着一些防御系统和巡逻士兵，他们是我们完成任务的最大阻碍。游戏内的防御系统有着许多模式，不同防御系统也会产生不一样的效果，玩家可以根据潜入的阵营来进行分辨。科普斯商会的主要防御设施就是摄像头和激光栅栏，摄像头一旦扫到玩家，就会立刻发出警报，我们可以使用无声武器提前将其破坏，从而防止被其发现。激光栅栏会在玩家接触到之后立刻发出警报，有些的激光栅栏还会自动在场景当中移动，所以在进入之前一定要观察好他们的行动规律，否则后续的接触。由于激光栅栏还有着专属的控制台，玩家可以通过破译，从而提前将它们关闭。
克隆尼阵营的激光虽然没有科普斯商会那么高端，但随处不在的感应调解者依旧会暴露我们的行踪。感应调解者可以朝着四周发射出大量的红外线，只要玩家接触到，它就会进行报警。目前最好的解决方式就是提前将其给破坏，不过徐亚注意，感应调解者有着一定的基础护甲值，一旦一击没有将其击杀，它依旧会进行后续的报警。奥罗金的间谍任务是最困难的，主要就是因为其虚空裂缝的存在，玩家可以通过虚空裂缝，从而在现在和过去两个时空之间进行传送，有些间谍点位由于处于不同的时空，所以玩家也需要不断的进行传送。无论是在哪一个时空当中遇到了警报系统，都有可能会导致任务的失败。
任务触发警报之后，游戏上方会出现30到50秒的倒计时，玩家需要在倒计时结束之前，完成对标记点位的信息获取，否则该信息点位的数据就会直接销毁。在突击任务当中一旦有一个数据被销毁了，任务就会直接失败，而在常规模式下，玩家只要成功盗取一个点位的信息就可以成功完成任务，只不过奖励会稍微少一些。
