在海洋地形水中木中有一种实体大树干，无法被摧毁和破坏。大树干是一个非常巨大的树，在大树干下能够受到大树干带来的避雷、避雨和隔热效果，玩家在大树干下的阴影处时，均会受到35%防雨和180隔热的效果，并且大树干树荫下的所有物品都不会被雷劈中。在大树下的阴影内会有一些萤火虫，当萤火虫的数量小于十的时候，每晚都会有概率生成一只萤火虫，直到萤火虫的数量达到十。
在大树干下还会有海黾巢穴，若海黾巢穴被摧毁，则会在三天到五天之内随机刷新生成出一个新的海黾巢穴。玩家可以驾驶船只冲撞大树干，当大树干受到船只的撞击，会从树冠上面掉落一个疙瘩树种子和随机十到十四个物品，撞树掉落物资资源的效果每十二分钟刷新一次内置冷却，差不多为一天半。掉落的疙瘩树种子是随机掉落的，会有几率掉落到船上，也会有几率直接掉落到水里。
如果掉在船上能直接获得，掉到水里的话需要用到寄居蟹奶奶的任务完成后给的夹夹绞盘来打捞。大树干的阴影下还会有苔藓藤条，当苔藓藤条的数量少于四个时，则会生成新的一到两根新鲜苔藓藤条，并且树荫内若有海黾巢穴，里面的海黾会出来探查。每个大树干都对应了一只草鳄鱼，在草鳄鱼死亡之后，大约两分钟之后，大树干将会再次生成一只新的草鳄鱼。
