宗教入侵属于常见攻击方式，尤其敌人宗教单位大量传播信仰时，更多采取这种攻击方式，基本反击和防御有物理封锁，封锁包括两方面，首先用六个军事或者宗教单位，包围城市中心阻止对方进来，这是最直接防御手段。对方宗教单位移动路径能被卡，通过兵卡路线，尤其早期未发教时，有效降低生产单位成本，可以延迟对方进攻脚步。设立审判官和宗教单位，增加反击能力，审判官需要在自己宗教城市里买，使用清除异教能力，直接清除地方宗教影响， 优先消耗使徒的审判次数。
使徒能和对方宗教单位战斗，成功击杀掉增加实力。另个主动反击方式是军事干涉，若对方频繁宣传，刚好借助这理由开战，需要有一定实力基础才能完成，通过军事单位攻击对方传教士或者使徒，此时不用承担宗教战争的惩罚。自己地盘上的传教城市要保护，有圣地和神社、传教士的地方。狂热传教信条刷到后使用，有效强化传播速度，宣传不受地形影响，适合反击敌方。
早期快速建造宗教避免陷入不利情况，获取大预言家开启建造基础。相关建筑有圣地、寺庙等设施，提升宗教压力抵御敌人渗透。最快捷方法是关掉前置条件，设置中能够关掉宗教胜利，彻底消除威胁，比较适合不走这路线赢的玩家。成功征服敌人一个小城后要保护起来，防止区域受到宗教影响。
