危机是随着发展出现的挑战事件，有军事或者经济等方面，遇到时需要调整减少损失，比如军事危机要加强防御，通过训练提升出击伤害。经济上需要优化配置，此外带来的军队维护成本加重、资源产出降低等问题，都要对应的解决方法，成功解决获得特殊奖励，或者是得到新技术。作为在更迭时代出现的随机时间，造成多个挑战和负作用，应对方法需要根据特性调整策略，接着再利用外交方式缓解程度，与其他文明结成联盟，获得额外支持对抗威胁，此外签订贸易协议也能快速获得资源。
正确应对减少损失，成功后得到的奖励有很大作用，比如解决环境污染后，解锁环保相关科技，方便后续发展。如果不想要不确定后果，可以在建立游戏时关掉，位置在高级选项中，关掉后就不会出现相关政策和机制。在不同方面有具体体现，自然灾害上体现地震、洪水，资源上是食物或者能量出现短缺，此外还有不同方面，只要对经济发展有副作用都算，包括其他文明入侵。
不同时代有主要问题，此时对应政策产生，用来应对突发情况。古典时代常出现叛乱，可能导致城市发展不稳定和人口减少，入侵需要加防边防，准备应对即将到来的战争，瘟疫时建立医疗机构，研发对应疫苗和治疗方法。探索时代需要平衡宗教信仰，防止内乱，政治的动荡需要处理，使得环境稳定。
