清除部落冲突障碍物的操作很简单：进入村庄后点选树木、灌木、石块、宝石箱或节日障碍，在弹出的功能栏中点击“清除”并确认资源即可。主世界的普通障碍通常消耗金币或圣水，岩石多使用金币，植物多使用圣水；目前主世界清除障碍不再占用建筑工人，而是由村民完成，因此即使所有建筑工人都在升级，也可以继续处理障碍。建筑大师基地的操作路径相同，但普通障碍通常要求建筑大师大本营达到3级，并需要满足该基地界面显示的工人条件；高草属于特殊障碍，应以界面提供的直接清除或覆盖方式为准。
新手应优先清理挡住建筑位置的障碍，再处理地图边缘和不影响布局的区域；这样能先腾出关键格子，避免为了摆放兵营、储金罐或防御建筑反复调整阵型。清除前先看资源栏和完成时间，资源不足时不要连续点击多个障碍，避免影响建筑升级或墙体建设。主世界不必为了清障专门预留建筑工人，建筑大师基地则适合在建筑大师空闲、资源即将溢出或准备集中调整阵型时处理。需要完成清除障碍任务时，可以优先选择费用低、占地小的普通植物，不要为了任务删除保存多年的节日障碍；误把装饰物当成障碍物、只看外观不看弹出的资源类型，是最容易出现的操作错误。
想稳定获得宝石，应保持村庄障碍数量低于上限并定期清理。普通障碍清除后有机会获得0至6颗宝石，同时会提供经验；宝石箱属于稀有障碍，清除后固定获得25颗宝石，出现时应优先处理。单个村庄通常最多保留45个障碍物，达到上限后，普通树木、灌木等将停止刷新；宝石箱和部分节日障碍不完全受这一限制，但编辑模式中收起的障碍仍会计入数量。因此，收集宝石的玩家不能只把障碍全部收进编辑模式，也不能长期保留大量普通树木，否则会减少后续刷新机会。清除数量还会计入相关成就，适合新手在积累宝石、冲击建筑工人小屋时顺手完成。
稀有节日障碍和具有纪念价值的特殊物件，应使用“障碍铲”移动而不是直接清除。障碍铲的作用是让单个障碍永久获得移动资格，使用后可以在村庄编辑模式中调整位置或收起，既能保留外观，又能为核心建筑腾出空间；但收起后的障碍仍计入45个障碍物上限，不能同时解决收藏和刷新问题。普通树木、石块和灌木则不值得消耗障碍铲，直接清除即可。布局调整时先用编辑模式规划建筑位置，再决定哪些障碍保留、哪些障碍移走，可以减少误删风险；一旦特殊障碍完成清除，通常无法恢复，确认资源按钮时应特别检查障碍名称和外观。
