精灵球主要通过在游戏中的商店购买获得，最基础的是普通精灵球，在每个城市的友好商店都能买到，价格是200金币一个。常磐市的商店老板会免费赠送一个精灵球作为新手福利，但之后都需要用金币购买。游戏剧情推进，商店会解锁更多类型的精灵球，如超级球和高级球，它们提供更高的捕捉成功率。
高级球和超级球等更有效的精灵球可以在特定城市的商店购买。紫苑镇的宝可梦商店出售高级球，售价为1200金币，捕捉效率高于普通球和超级球。彩虹市的大型百货公司也提供高级球，这里汇集了多种重要道具，玩家在探索过程中可顺路访问。枯叶市的百货公司商品种类最为齐全，包含全部常规精灵球类型，如超级球和高级球。这些商店通常位于城市中心或显眼区域，进入后与店员对话即可打开购买界面，选择所需的精灵球进行交易。
除了常规商店，狩猎区有专用的沙狐球，只能在狩猎区的商店购买，用于捕捉该区域特有的宝可梦。大师球作为百分百捕获率的稀有道具，不是通过商店购买获得，而是通过剧情奖励获取，比如在击败火箭队总部后从社长那里领取。玩家在购买精灵球时，需要积累足够金币，金币可以通过战斗胜利或完成任务获得，经济系统允许玩家使用金币进行交易。
购买精灵球时，玩家应根据游戏进度和捕捉需求做出选择。早期可以使用普通精灵球，价格便宜，适合捕捉常见宝可梦。中后期遇到稀有或高等级宝可梦时，建议购买超级球或高级球，以提高捕捉效率。商店位置分布在不同城市，玩家在探索过程中应留意这些地点，紫苑镇的商店作为早期可访问点，适合在游戏中期使用，而彩虹市的百货公司库存更丰富，是后期的理想补给站。
