水中木移植首先用到夹夹绞盘，所以得先在海面上找到瓶中信，阅读过后会在地图上显示出奶奶岛的位置。跟随指引来到奶奶岛后，完成随机发出的奶奶岛好感任务，才能够得到夹夹绞盘蓝图，有了蓝图才能够把夹夹绞盘制作出来。在有了夹夹绞盘后来到水中木区域，由于在该区域内会有水蜘蛛对角色进行攻击造成影响和伤害，所以一定要穿戴护甲武器，减少受到的影响。
在水中木区域用船撞大树干，每一个大树干都会掉落一个水中木种子，每棵树的掉落会有一定的冷却天数，在掉落的时候会显示一个紫色的光球图案。把夹夹绞盘放在船上，使用对准落在水里的水中木种子将其打捞上来，即可把水中木种子拿到手。由于水中木种子是重物，所以角色在搬运的时候会有一定的减速效果，如果是特殊的角色会减少减速的影响。把种子搬到任意想要种植的水域后，可以开始对水中木进行种植。
如果用的是草船，直接把种子放上面等草船损坏就能直接种植了，如果是木船则一定要多使用一遍夹夹绞盘来种植。在种子生长的过程中会有多个阶段，前期阶段可以不用管，不过想要加快生长进度的话，前期也可以用树果酱进行催熟。当水中木种子生长长大到正常阶段时，后续的成长就需要使用树果酱施肥，直到其长成巨大树干。在当其长成巨大树干后，对应地上的树荫会有防雷和防自燃的效果。
