城市失去控制是玩家常遇到的挑战之一，主要原因包括忠诚度系统、文化压力、军事占领及资源管理失衡。忠诚度是核心机制，当城市忠诚度降至零时会叛变为自由城市，甚至被其他文明吸收。文化压力来自周边文明的强大文化输出，若玩家未能及时提升自身文化吸引力或派驻总督，城市会逐渐脱离控制。军事占领后的城市若未及时稳定，也会因忠诚度惩罚而丢失。资源短缺尤其是食物不足会加速人口流失，间接导致城市崩溃。
每座城市会受9格范围内其他城市的文化压力影响，若敌对文明在此范围内有高人口城市，其输出的文化压力会持续削弱玩家城市的忠诚度。总督派驻、宜居度提升、政策卡选择均可缓解这一现象，但需长期规划。宗教也是影响因素，若城市主流宗教与玩家文明不同，每回合会额外减少忠诚度。在扩张时需评估目标区域的文化环境，避免在敌对文明文化圈内孤立建城。
刚占领的城市会承受新占领忠诚度惩罚，其强度取决于原主人对玩家的不满值。需驻军镇压，并通过建造纪念碑、选择对应政策卡加速稳定。若同时占领多座相邻城市，可形成忠诚度互助网络，互相抵消外部压力。但若玩家处于黑暗时代或周边有强敌，即使驻军也可能难以阻止叛变。食物短缺会导致人口下降，直接削弱城市输出的忠诚度压力。住房不足或宜居度过低同样会加剧问题。在失去城市前往往伴随人口锐减或生产力停滞的预警信号。玩家需通过农场改良、贸易路线或区域建设维持资源平衡，尤其在边缘城市更需优先保障基础需求。
